농업협동조합이 취득한 감면 토지를 유예기간(1년) 내 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부[2026지0437,2026.10.1]

사건번호: 조심2026지0437 (결정일자: 2026년 10월 1일)

1. 사건 개요 및 경과

• 당사자: 청구법인(농업협동조합) vs 처분청(경기도 남양주시장)
• 청구법인은 2024.10.8. 쟁점토지를 매매로 취득하며 「지방세특례제한법」 제14조 제3항에 따라 고유업무(농기계 보관창고) 직접사용 목적 감면(85%)을 적용해 취득세 등을 신고·납부함. 취득일로부터 1년 내 건축물 사용승인을 받지 못하자 2025.10.13. 감면세액을 자진신고·납부한 후, 유예기간 내 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다며 경정청구를 했으나 처분청이 거부함

2. 주요 쟁점 및 양측 입장

• 쟁점: 쟁점토지 취득 후 유예기간(1년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 청구법인: 농업협동조합 특성상 농협중앙회 사전승인, 이사회·총회 의결, 공사 일반경쟁입찰 등 내부 절차를 준수해야 했고, 2차례 입찰 유찰로 수의계약이 지연됐으며, 공사 중 우천(19일)과 추석연휴가 겹쳐 유예기간을 55일 정도 초과했을 뿐 고유목적 사용을 위한 정상적인 노력을 다했으므로 정당한 사유가 있음
• 처분청: 실제 공사기간은 약 3~4개월에 불과하고, 사업계획 확정 후 설계도서 작성까지 약 4개월이 지연된 데 대해 구체적인 증빙을 제출하지 못했으며, 우천·추석연휴는 통상 예측 가능한 사유에 불과해 정당한 사유로 인정할 수 없음

3. 조세심판원 최종 판단 및 결정

• 결정: 취득세 등 경정청구 거부처분 취소 (청구인 승소)
• 이유: '직접 사용'이란 현실적으로 사업에 사용되는 것을 의미하며, 건물 착공은 준비행위에 불과해 원칙적으로 사용승인 시점을 직접 사용 시점으로 봄. 청구법인은 쟁점토지 취득 후 임시사용승인(2025.12.2.)까지 관련 법령 및 농협중앙회 내부 규정에 따라 사업계획 확정, 설계도서 작성, 업체선정, 착공, 공사 진행 등 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점, 유예기간을 약 55일 초과했을 뿐이며 현재 쟁점토지를 원래 목적대로 직접 사용하고 있는 점 등에 비추어 정당한 사유가 인정됨

출처: 조세심판원