중소기업 간 통합 감면 취득세 추징 시, 추징사유 판단 기준을 출자자 개인별로 볼 것인지 및 지분을 처분하지 않은 출자자 몫도 추징 대상인지 여부

사건번호: 조심2025지1534 (결정일자: 2026년 9월 22일)

1. 사건 개요 및 경과

• 당사자: 청구법인(음식점·급식업 운영법인) vs 처분청(서울특별시 종로구청장)
• 청구법인은 2021.12.24. 개인사업자인 허정유, a, b, c(출자자들)와 중소기업 통합을 위한 현물출자계약을 체결하고, 2022.1.26. 이들로부터 사업용재산(쟁점사업용재산)을 양수하면서 「지방세특례제한법」 제57조의2 제3항 제5호(쟁점감면규정)에 따라 취득세 75%를 감면받음. 처분청은 출자자들 중 a, b, c가 통합으로 취득한 청구법인 출자지분 중 50% 이상을 5년 이내(2022.2.18.)에 A 주식회사에 양도한 사실을 확인하고, 기 감면받은 취득세 전부를 추징함

2. 주요 쟁점 및 양측 입장

• 쟁점①: 추징사유(지분 50% 이상 처분)의 판단 대상을 출자자 전체로 볼 것인지, 개별 출자자별로 볼 것인지
• 쟁점②: 개별 출자자 기준으로 보더라도, 지분을 처분하지 않은 출자자(허정유)의 현물출자 부동산도 추징 대상인지
• 청구법인: 조특법 제31조 제7항의 '제1항을 적용받은 내국인'은 개별 주주가 아니라 '출자자 전부'를 의미하며, 이렇게 해석하지 않으면 소수지분권자 1인의 처분만으로 법인 전체가 취득세를 추징당하는 불합리가 발생함. 설령 개별 출자자 기준이더라도, 지분을 처분하지 않은 허정유의 현물출자 부동산은 추징 대상에서 제외되어야 함
• 처분청: 조특법 제31조 제7항 및 시행령이 '해당 내국인'을 개별 단위로 규정하고 있으므로 '제1항을 적용받은 내국인'은 각각의 개인으로 해석해야 하며, 감면요건은 엄격히 해석해야 함. 추징 요건이 성립하면 출자자 개인의 지분 처분 여부와 무관하게 전체가 추징 대상임

3. 조세심판원 최종 판단 및 결정

• 결정: 일부 인용(허정유의 현물출자 지분 비율에 해당하는 취득세는 추징대상에서 제외하는 것으로 경정, 나머지 청구는 기각)
• 이유:
  • 쟁점①: 쟁점감면규정의 입법취지는 중소기업 대형화를 통한 경쟁력 강화이며, 통합 후 사업의 동질성 유지가 핵심 요건임. a, b, c는 5년 이내 지분 50% 이상을 처분해 사업 동질성이 훼손되었고, 이들은 실제로 이월과세액을 양도소득세로 납부함. '제1항을 적용받은 내국인'을 '출자자 전부'로 해석하면 개별 출자자는 양도소득세를 납부하면서도 법인은 취득세 감면을 그대로 유지하는 불균형이 생기고 추징 규정 자체가 사문화될 우려가 있으므로, 개별 출자자 기준으로 판단한 처분청의 추징은 정당함
  • 쟁점②: 관련 규정은 추징 범위가 지분별인지 전체인지 명확히 규정하지 않고 있고, 조특법 제31조 제7항 제2호에 따르면 지분 50% 이상을 처분하지 않은 출자자는 애초에 양도소득세 이월과세액 납부 대상에서 제외됨. 양도소득세 특례와의 정합성을 고려할 때 취득세 추징 대상도 전체 이월과세액 중 추징되는 세액 비율에 해당하는 지분에 국한되어야 하므로, 지분을 처분하지 않은 허정유의 현물출자 부동산은 추징 대상에서 제외하는 것이 타당함
  • 출처 : 조세심판원