쟁점토지 취득이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상에 해당하는지 여부
사무국 관리자조회 31
사건번호: 조심2026지0006 (결정일자: 2026년 6월 30일)
1. 사건 개요 및 경과
- 당사자: 청구법인(경기 과천시 지식기반산업용지 개발·분양 목적 특수목적법인) vs 경기도 과천시장(처분청)
- 청구법인은 2020.7.1. 이 건 토지를, 2023.5.19. 지식산업센터용 건축물을 취득하였음. 이후 건축물 중 어린이집·A교육센터 부분 등(쟁점건축물)과 그 부속토지(쟁점토지)가 기부채납 목적 취득으로 취득세 비과세 대상이라며 경정청구했으나, 처분청은 쟁점건축물 부분만 인용하고 쟁점토지 부분은 거부함
2. 주요 쟁점 및 양측 입장
- 쟁점: 쟁점토지 취득이 지방세법 제9조 제2항(기부채납 조건부 취득 비과세)에 해당하는지 여부
- 청구법인: 쟁점건축물 기부채납은 처분청과 협의·확약되었고, 집합건물법상 대지사용권은 전유부분과 분리 처분 불가하므로 건축물 기부채납 협의에 그 부속토지도 당연히 포함됨. 토지 취득(2020.7.1.) 이전인 2019.12.6. 이미 기부채납 관련 사전협의가 완료된 사실이 확인됨
- 처분청: 쟁점건축물에 대해서는 기부채납 문서를 확인했으나, 쟁점토지에 대해 기부채납 면적을 확정한 서류가 별도로 제출된 바 없어 취득 당시 구체적 협의가 진행 중이었다고 보기 어려움. 원용된 선례(조심2022지0966)와는 사실관계가 달라 적용 불가
3. 조세심판원 최종 판단 및 결정
- 결정: 쟁점토지 부분에 대해서도 지방세법 제9조 제2항을 적용하여 세액을 경정함 (청구인 승소)
- 이유: 청구법인이 2019.11. 건축계획 사전협의 요청문서에 어린이집·A교육센터 기부채납 의사를 기재했고 처분청이 2019.12.6. 이를 수용함으로써 사전협의가 완료됨. 쟁점건축물은 집합건축물로 대지사용권은 전유부분과 분리 처분 불가하므로 기부채납 협의에 부속토지도 포함된 것으로 보는 것이 합리적이며, 별도의 토지 사용료 협의가 없었던 점 등을 종합할 때 토지 취득(2020.7.1.) 이전에 기부채납 협의가 완료된 것으로 인정됨