2026-09-24 주민세 조세심판원 취소 결정사례
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주민세 조세심판원 결정사례
조심 2024지0292 (2026.06.05.) 주민세 취소/ 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, AAA대학병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서, AAA대학병원은 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고․납부하고 있는 점,
청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 AAA대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 AAA대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,
의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,
법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결, 같은 뜻임),
아울러 이 건 전임교원들은 AAA대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 AAA대학병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어,
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
2. 조심 2024지0540 (2026.06.30.) 주민세 취소/ 이 건 파견교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
이 건 교원의 파견 근거 및 그에 따른 대가 지급의 구조, 이 건 교원이 이 건 병원에서 수행한 업무의 내용 등에 있어 위 판례의 사안과 이 건 심판청구의 사안에 큰 차이가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 주민세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
(가) 「지방세특례제한법」제41조 제3항은 본문에서 「고등교육법」에 따른 학교에 대한 주민세 종업원분을 면제한다고 규정하는 한편, 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분은 면제하지 아니한다”고 규정하고 있고,
위 법 조항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제18조 제4항은 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 “수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분”을 말하고, “면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다”고 규정하고 있다.
(나) 처분청은 이 건 교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당하므로 「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 그 산하 AAA대학교 의과대학 학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적이어서 부득이 이 건 계약을 체결하게 된 것이고, 이 건 교원의 진료과정에 의과대학의 학생들이 참여하여 임상실습교육이 동시에 병행하여 이루어졌던 것으로 보이는 점,
청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 교원은 2018년 10월부터 2023년 8월까지 이 건 병원에서 진료보다 AAA대학교 의과대학 학생을 상대로 하는 강의에 더 많은 시간을 투입하였으므로, 이 건 교원의 위 기간 동안의 주된 직무는 수익사업인 진료가 아닌 학교에서의 교육인 것으로 보이는 점,
「지방세특례제한법」은 주민세 종업원분을 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이므로, 청구법인이 이 건 병원의 수익사업을 통하여 마련된 용역비를 재원으로 이 건 교원에게 급여를 지급한 것이라 하여 위 수익사업이 이 건 교원의 주된 직무라고 할 수는 없는 점,
이 건 병원은 이 건 교원이 환자들에게 제공한 의료서비스의 대가로 진료수당 등을 직접 지급하고 그 금액 상당에 대한 주민세를 신고․납부한바, 청구법인이 이 건 교원에게 지급한 쟁점금액은 이 건 교원의 강의, 연구 등의 업무 수행에 대한 보수로서, 당해 법인이 AAA대학교 소속 다른 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,
청구법인은 앞서 2002년 3월부터 2007년 1월까지 이 건 계약에 따라 이 건 병원에 파견된 교원들에게 지급한 급여에 대하여 부과된 종업원할 사업소세의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 서울고등법원에서 위 파견 교원의 주된 직무를 비과세대상사업인 의과대학생 교육․연구로 보아야 한다는 취지로 선고한 원고 승소 판결(서울고등법원 OOO 판결)이 대법원의 판결(대법원 OOO 판결)에서 그대로 확정된바,
이 건 교원의 파견 근거 및 그에 따른 대가 지급의 구조, 이 건 교원이 이 건 병원에서 수행한 업무의 내용 등에 있어 위 판례의 사안과 이 건 심판청구의 사안에 큰 차이가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 주민세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
3. 조심 2024지0313 (2026.07.02.) 주민세 취소/ 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, A병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서 A병원이 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고․납부하고 있는 점,
청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 A교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 A교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,
의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,
법원은 주민세를 부과함에 있어, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻임),
아울러 이 건 전임교원들은 A교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 A병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어,
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임).
4. 조심 2024지0670 (2026.07.20.) 주민세 취소/① 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부② 청구법인이 쟁점사업소에 파견한 파견직원을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보아 그 급여 등에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
① 이 건 전임교원들의 주된 직무는 교수로서 목적사업(교육업)에 종사하는 것인바, 쟁점금액은 주민세(종업원분) 면제 대상에 해당함② 쟁점사업소에서 별도의 인적·물적 설비를 갖추고 독자적인 사업을 영위하고 있는 점 등 고려 시 파견직원들을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보기 어려움
[참조결정]
조심2019지0544 / 조심2020지0804 / 조심2024지0292
쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액①이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나,
A대학병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서 A대학병원이 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고·납부하고 있는 점,
청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 A하여 A 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액①은 청구법인이 A 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,
의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,
법원은 주민세를 부과함에 있어, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻임),
아울러 이 건 전임교원들은 A 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 A대학병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 A할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어,
쟁점금액①은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).
다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점사업소에 청구법인 소속 직원들을 파견하여 쟁점사업소의 업무에 종사하게 하였는바, 파견직원들은 청구법인 소속 종업원에 해당하고, 청구법인이 파견직원들에게 지급한 쟁점금액②는 주민세 신고·납부대상에 해당한다는 의견이나,
쟁점사업소의 사업자등록증상 쟁점사업소는 법인사업자 본점으로서 학술연구용역, 산학협력업무 등의 사업을 영위함으로써 청구법인과는 별도의 독자적인 사업을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점,
청구법인이 쟁점사업소에 파견한 파견직원들은 청구법인의 신분을 유지하고 있고, 청구법인이 급여를 지급하고 있어 청구법인의 종업원에 해당된다고 볼 수도 있지만, 파견직원들은 청구법인의 본점에 근무하지 아니하고 별도 법인인 쟁점사업소에 근무하고 있으며, 청구법인이 파견직원들에게 급여를 지급한 후 해당 급여를 쟁점사업소가 정산하여 청구법인에게 다시 지급하는 것으로 보이는바, 파견직원들을 청구법인 본점의 인적 설비로 보기 어려워 보이는 점,
쟁점사업소의 정관 제6조는 쟁점사업소의 기본재산으로 “쟁점사업소 설립시 출연재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 증여재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 출연금, 기부금 또는 보조금, 기타 쟁점사업소의 재산”을 규정하고 있고, 제7조에서 쟁점사업소의 사업 및 운영에 필요한 경비 충당 재원으로 “기본재산의 운용수익, 제8조에 의한 수입, 차입금”을 규정하고 있으며, 제9조에서 쟁점사업소의 지출 범위로 “쟁점사업소의 관리·운영비, 산학연협력계약의 이행에 필요한 경비” 등을 규정하고 있는바, 쟁점사업소의 기본재산, 경비 충당 재원, 지출 행위, 쟁점사업소의 관리·운영 등이 청구법인과 독립적으로 운영되고 있는 것으로 보여 쟁점사업소의 사업장을 청구법인의 물적 설비로 보기 어려워 보이는 점,
쟁점사업소의 정관 제13조 및 제14조는 쟁점사업소의 현금예산서 및 결산서 등을 작성하여 총장에게 제출하도록 규정하고 있는바, 쟁점사업소는 청구법인과 독립적으로 예산 및 결산 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어,
처분청에서 청구법인이 쟁점사업소에 파견한 직원들을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보아 청구법인에게 주민세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
5. 조심 2024지0357 (2026.08.12.) 주민세 취소/ 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, 청구법인은 이 건 병원들이 이 건 전임교원들에게 지급한 급여 등에 대해서는 주민세를 신고․납부한 점, 청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결, 같은 뜻임), 아울러 이 건 전임교원들은 B 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 이 건 병원들에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 주민세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5., 같은 뜻임).
6. 조심 2024지0358 (2026.08.12.)주민세 / 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부
[결정요지]
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, 청구법인은 ○○○대학교병원이 이 건 전임교원들에게 지급한 급여 등에 대해서는 주민세를 신고․납부한 점, 청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결), 아울러 이 건 전임교원들은 ○○○대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 ○○○대학교병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 주민세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임).
7. 조심 2024지0855 (2026.08.12.) 주민세 취소/ 쟁점금액*이 주민세 종업원분 과세 대상에 해당하는지 여부
[결정요지]
쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
처분청은 쟁점전임교원을 주민세(종업원분) 과세대상으로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점전임교원의 임상 경험 등을 고려하여 ○○○대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 ○○○대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 2010두573 판결, 같은 뜻임), 아울러 쟁점전임교원은 ○○○대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 쟁점병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 쟁점전임교원의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 쟁점전임교원의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 쟁점전임교원의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것이므로 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의)고 판단된다.