2026-08-22 학교법인이 협력병원에 파견한 교원에게 지급한 급여가 주민세 종업원분 과세대상인지 여부(조심 조심2024지0540 2026.6.30.)

(가) 「지방세특례제한법」제41조 제3항은 본문에서 「고등교육법」에 따른 학교에 대한 주민세 종업원분을 면제한다고 규정하는 한편, 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분은 면제하지 아니한다”고 규정하고 있고,

위 법 조항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제18조 제4항은 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 “수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분”을 말하고, “면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다”고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 이 건 교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당하므로 「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 그 산하 AAA대학교 의과대학 학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적이어서 부득이 이 건 계약을 체결하게 된 것이고, 이 건 교원의 진료과정에 의과대학의 학생들이 참여하여 임상실습교육이 동시에 병행하여 이루어졌던 것으로 보이는 점,

청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 교원은 2018년 10월부터 2023년 8월까지 이 건 병원에서 진료보다 AAA대학교 의과대학 학생을 상대로 하는 강의에 더 많은 시간을 투입하였으므로, 이 건 교원의 위 기간 동안의 주된 직무는 수익사업인 진료가 아닌 학교에서의 교육인 것으로 보이는 점,

「지방세특례제한법」은 주민세 종업원분을 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이므로, 청구법인이 이 건 병원의 수익사업을 통하여 마련된 용역비를 재원으로 이 건 교원에게 급여를 지급한 것이라 하여 위 수익사업이 이 건 교원의 주된 직무라고 할 수는 없는 점,

이 건 병원은 이 건 교원이 환자들에게 제공한 의료서비스의 대가로 진료수당 등을 직접 지급하고 그 금액 상당에 대한 주민세를 신고․납부한바, 청구법인이 이 건 교원에게 지급한 쟁점금액은 이 건 교원의 강의, 연구 등의 업무 수행에 대한 보수로서, 당해 법인이 AAA대학교 소속 다른 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,

청구법인은 앞서 2002년 3월부터 2007년 1월까지 이 건 계약에 따라 이 건 병원에 파견된 교원들에게 지급한 급여에 대하여 부과된 종업원할 사업소세의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 서울고등법원에서 위 파견 교원의 주된 직무를 비과세대상사업인 의과대학생 교육․연구로 보아야 한다는 취지로 선고한 원고 승소 판결(서울고등법원 OOO 판결)이 대법원의 판결(대법원 OOO 판결)에서 그대로 확정된바,

이 건 교원의 파견 근거 및 그에 따른 대가 지급의 구조, 이 건 교원이 이 건 병원에서 수행한 업무의 내용 등에 있어 위 판례의 사안과 이 건 심판청구의 사안에 큰 차이가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 주민세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.