2026-06-14 조세심판원과 행정안전부 해석이 상이한 사례

쟁점토지를 비과세대상인 유지(자연적으로 형성된 호수·늪)으로 볼 수 있는지 여부

1. 조심 2025광2751(2026.05.18.) / 쟁점토지를 비과세대상인 유지(자연적으로 형성된 호수·늪)으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[요약]

쟁점토지는 비과세대상 유지(자연적으로 형성된 호수·늪)에 해당되는 것으로 판단됨.

(주문)

나주세무서장이 2025.5.22. 청구법인에게 한 2020년~2023년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원 및 2023년 귀속분 OOO원)의 경정청구 거부처분은 이를 각각 취소한다.

처분청은「종합부동산세법」제11조에 따라 토지에 대한 종합부동산세는「지방세법」에 따른 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하고, 종합부동산세 과세대상 토지의 분류는「지방세법」에 따르고 있으며, 행정안전부장관 회신내용(부동산세제과-2982, 2024.9.3.) 상 쟁점토지의 대부분을 차지하는 갈대밭은 '잡종지'에 해당한다는 의견이므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다는 의견이나, 

청구법인이 제시한 간척습지의 생태적 관리방안(2006년) 중 관련 내용에 따르면, 일부자료상 쟁점토지의 북쪽(평균 수심 26센티미터)과 남동쪽(56센티미터)에 상시 침수지역이 위치해 있고, 그 사이에 있는 토지는 우천 시 침수되는 것으로 되어 있으며, 주로 자생하고 있는 식물은 갈대, 애기부들, 통발, 물억새 등으로 기재되어 있는 점, 유역면적 및 유입수량 관련 자료, 등고선 및 등수심도, 쟁점토지의 각 구역별 사진 및 일반 특성자료, 1979년경 항공사진 등에 따르면, 쟁점토지는 바닷물이 유입되어 자연적으로 형성된 것으로 쟁점토지에 유입되는 총 담수량은 연간 약 150만㎥에 달하고, 일부 자생하는 식물로 덮여 있는 것으로 관찰되나, 실제는 물이 상시 고여 있거나 물흔적 등 물줄기가 있는 것으로 나타나는 점, 

생태계보전협력금 반환사업 계획서에 해당 사업시행은 인위적으로 생태계를 조성하기 위한 것이 아니라 훼손된 생태계를 복원하기 위한 것 등으로 작성되어 있고, 동 사업 예·결산 자료상 폐기물처리비 약 OOO원, 모니터링비 OOO원, 식생복원공사비(교목, 관목, 지피류 등) 약 OOO원 및 지형복원공사비 약 OOO원 등이 집행된 점을 감안할 때, 도시화로 축소되고 고립화된 생물서식처 보전 및 멸종위기종·천연기념물 서식지 조성 등 이미 형성된 습지를 유지하거나 생물 다양성을 높이기 위한 조치일 뿐, 습지를 인공적으로 조성하기 위한 행위로 보기는 어려운 점, 

우리 원에서 쟁점토지에 대한 현장확인을 실시한 결과, 쟁점토지는 습지 보존지역과 생태체험 학습지역으로 구분·관리되고 있었고, 생태체험 지역은 생태체험 프로그램 참가학생들에게 일시적으로 개방(프로그램 안내판이 군데 군데 설치)되는 것 등으로 확인된 점, 청구법인이 제시한 OOO의 자문의견서상 쟁점토지는 자연적으로 형성된 습지에 해당한다는 등의 내용으로 작성되어 있는 점 등에 비추어, 쟁점토지는 종합부동산세 비과세대상 유지(溜池)인 '자연적으로 형성된 호수·늪'에 해당된다고 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점토지를 종합부동산세 비과세대상인 유지(溜池)가 아닌 잡종지로 보아 청구법인의 종합부동산세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

2. 행정안전부장관 회신내용(부동산세제과-2982, 2024.9.3.)

부동산세제-2982(2024.09.03.) /재산세 비과세 적용 여부

[요약] 쟁점토지의 일부 면적은 물이 상시 고여 있음이 확인되나, 이외 면적에 대하여는 갈대밭과 수풀로 이뤄져 있고 물이 상시적으로 고여 있다고 보기 어려워 그 정도가‘유지’에 대한 비과세 취지에 맞지 않은 점, 쟁점토지의 대부분을 차지하는 갈대밭은「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령」제58조에 따른 잡종지에 해당하는 점, 방조제를 쌓아 매립하여 간척한 토지 특성상 자연적으로 형성된 호수·늪이라고 보기 어려운 점, 간척 토지 내 소규모 물웅덩이가 일부 고여있다는 사실만으로 전체 면적을 비과세할 경우 여타 매립토지 등에 대해서도 동일하게 비과세를 통한 조세 회피의 악용 우려가 있는 점 등을 고려할 때,

- 재산세 비과세의 취지, 조세형평성, 종전사례 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점토지의 물이 상시 고여있음이 확인되는 부분 외에 재산세 비과세를 적용하기는 어렵다고 판단되며, 해당 과세관청의 면밀한 조사를 통해 비과세 및 비과세 외의 면적을 구분하여 적용하여야 할 것임.

[질의]

○ 간척사업으로 조성된 토지로 수풀과 갈대 등이 식재되어 있는 토지(이하,“쟁점토지”라고 함)를 「지방세법」 제109조제3항제1호에 따른‘유지(溜池)’로 보아 재산세 비과세가 가능한지 여부

[회신]

○ 「지방세법」제109조제3항제1호에서는‘대통령령으로 정하는 도로·하천·제방·구거·유지 및 묘지’의 경우 재산세 비과세대상으로 규정하고 있으며,

- 같은 법 시행령 제108조제1항제5호에서는‘유지(溜池): 농업용 및 발전용에 제공하는 댐·저수지·소류지와 자연적으로 형성된 호수·늪’의 경우 재산세 비과세대상으로 규정하고 있음.

○ 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령」제58조는‘유지란 물이 고이거나 상시적으로 물을 저장하고 있는 댐·저수지·소류지(沼溜地)·호수·연못 등의 토지와 연·왕골 등이 자생하는 배수가 잘 되지 아니하는 토지’로 규정하고 있고, ‘잡종지란 갈대밭, 돌을 캐내는 곳, 그밖에 다른 지목에 속하지 않는 토지 등’으로 규정하고 있음.

○ 비과세란 국가 또는 지방자치단체가 과세권을 포기하고 과세하지 않는 것을 말하며 법률로 처음부터 납세의무가 발생하지 않도록 하는 것이므로 비과세의 적용은 매우 엄격하게 제한적으로 적용하여야 할 것임

- 따라서 지방세법령에서 비과세로 규정하는‘유지’의 경우 그 사용목적이 명확하게 농업·발전용에 제공되는 댐·저수지·소류지이거나, 인공적·물리적인 힘이 가해지지 않은 상태의 자연적으로 형성된 호수·늪에 해당하는 토지에 대해 그 취지에 맞게 과세관청의 면밀한 현황 조사 등을 통해 극히 예외적인 경우에 한해 적용해야 할 것임.

○ 그간 유사 판단사례를 확인하면 유지 판단시‘용수제공이 일시적인 경우(서울고등법원 2011누4680, 2011.8.10.)’와‘물에 상시적으로 잠겨있더라도 인공적으로 물의 유입을 차단할 수 있는 경우 (조세심판원 2014지0080, 2014.8.21.)’는 유지로 보지 않았으며, 구거 판단시 인근토지와 지고의 차이가 있어 자연적으로 유수 등이 있어야 함에도 지고 차이가 없는 지하에 수로관이 매설된 경우는 구거로 보지 않는 (부동산세제과-895, 2019.11.4.) 등과 같이 비과세 적용 조문에서 정하는 요건을 충분히 충족하지 않은 경우에 비과세 규정을 적용하지 않음을 확인할 수 있음.

○ 법령상 입법취지를 살펴보면, 지방세법령은 ‘농업용 및 발전용에 제공하는 댐·저수지·소류지’와 ‘자연적으로 형성된 호수·늪‘을 ‘유지’로 정의하고 있는데, 이때 ’자연적으로 형성된 호수·늪‘은 단순히 형태적인 의미만으로 판단해서는 안 되고 선행하여 정의하고 있는 ’농업용 및 발전용에 제공하는 댐‘ 등과 유사하게 물이 어느 정도로 충분히 고여있어, 토지로서 기능을 상실한 정도를 전제로 하고 있다고 할 것임.

- 이는 비과세 규정이 적용되는 도로·하천·공원·철도·항만·공항 등의 주민편익에 필수불가결한 시설(지방세운영과-1144, 2012.4.13.)과의 형평성을 고려할 때도 그러하고,「지방세법」상‘유지’의 정의를「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」상 ‘유지’정의와 달리‘연·왕골 등이 자생하는 배수가 잘 되지 아니하는 토지’를 제외하는 등 축소하여 규정하고 있는 점에서도 확인할 수 있다고 할 것임.

○ 본 건 질의의 경우, 간척사업으로 조성된 토지로서 토지의 현황이 수풀과 갈대 등이 식재되어 있는 토지를「지방세법」 제109조 제3항 제1호에 따른‘유지’로 보아 재산세 비과세가 가능한지 여부인 바,

- 제출된 과세관청의 현장조사 자료에서 쟁점토지의 일부 면적(8,200㎡)은 물이 상시 고여 있음이 확인되나, 이외 면적에 대하여는 갈대밭과 수풀로 이뤄져 있고 물이 상시적으로 고여 있다고 보기 어려워 그 정도가‘유지’에 대한 비과세 취지(댐·소류지 등과 유사하게 물이 어느 정도로 충분히 고여있어 토지의 기능을 상실함을 전제)에 맞지 않은 점, 쟁점토지의 대부분을 차지하는 갈대밭은「지방세법」대비 ‘유지’의 범위를 넓게 정의하는「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」의 ‘유지’에도 해당되지 않아「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령」제58조에 따른 잡종지에 해당하는 점, 방조제를 쌓아 매립하여 간척한 토지 특성상 수문의 조절 및 성토 등을 통해 언제든지 토지의 상태가 변할 수 있어 자연적으로 형성된 호수·늪이라고 보기 어려운 점, 간척 토지 내 소규모 물웅덩이가 일부 고여있다는 사실만으로 전체 면적을 비과세할 경우 여타 매립토지 등에 대해서도 동일하게 비과세를 통한 조세 회피의 악용 우려가 있는 점 등을 고려할 때,

- 재산세 비과세의 취지, 조세형평성, 종전사례 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점토지의 물이 상시 고여있음이 확인되는 부분 외에 재산세 비과세를 적용하기는 어렵다고 판단되며, 해당 과세관청의 면밀한 조사를 통해 비과세 및 비과세 외의 면적을 구분하여 적용하여야 할 것임.

□ 유사 판단사례

1) 서울고등법원 2011누4680, 2011.8.10.

‘물에 상시적으로 잠겨있더라도 인공적으로 물의 유입을 차단할 수 있는 경우 

2) 조세심판원 2014지0080, 2014.8.21.)’/ 처분청이 쟁점토지를 재산세 비과세 대상인 유지에 해당하지 아니한 것으로 보아 재산세를 부과한 처분의 당부(재산세, 기각)

결정요지

쟁점토지는 제방으로 바다와 격리된 상태에서 수문을 통하여 바닷물이 이동할 수 있는 형태의 토지로서, 농업용 및 발전용에 공여되는 댐이나 자연적으로 형성된 호수 등의 재산세 비과세 대상인 유지에 해당하지 않고, 처분청이 쟁점토지에 대하여 유지라는 공적인 견해나 의사를 표시한 사실이 나타나지 아니하므로 쟁점토지를 재산세 비과세 대상에서 배제하여 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 없다

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 1953.8.25. OOO을 법인소재지로, 자본금을 OOO원으로 하여 설립되었고, 1997.1.25. 업태는 광업, 종목은 천일염으로 관할세무서에 사업자등록을 한 사실이 행정정보 공동이용 현황 등에서 확인된다.

(나) 처분청 담당공무원이 2013.10.8. 현지 조사를 실시하고 작성한 출장결과복명서에는 쟁점토지의 이용현황을 폐염전인 것으로 조사한 내용이 나타나며, 현장 사진에서 만조시에는 바닷물이 유입되고, 간조시에는 바닷물이 빠져나가는 상태이며, 수문과 제방으로 바다와 분리되어 있는 것으로 나타난다.

(다) 처분청은 청구법인이 염전이나 기타 다른 업종의 경영을 통하여 소득이 발생하거나 쟁점토지를 이용하였다는 정황은 나타나지 않으며, 염전 진입로조차 관리가 되지 않아 인마의 통행에도 많은 문제가 있어 사실상 폐업된 것으로 인정되나, 쟁점토지를 둘러 싼 제방은 기능을 못 할 정도의 상황은 아니었고 수문 등이 관리가 되지 않아 바닷물의 유입 등과 밀물·썰물의 조수의 영향으로 간석지와 같은 형태로 나타나지만 썰물시에는 바닷물이 빠져나가서 전형적인 폐염전의 상태로 방치되어 있는 것으로 확인하였다는 현장 조사자의 의견을 제시하고 있다.

(라) 처분청이 제출한 쟁점토지의 개별공시지가 토지특성조사표 및 결정조서의 내용에서 2009년부터 2013년까지 쟁점토지의 공부상 지목은 염전이나 실제 이용현황은 답으로 조사하여 개별공시지가를 결정한 내용이 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 구 「지방세법」제186조 제4호와 「지방세법」제109조 제1호 및 구 「지방세법 시행령」제137조 제1항 제1호의 규정을 종합하면, 재산세 비과세대상이 되는 유지는 농업용 및 발전용에 공여하는 댐·저수지·소류지와 자연적으로 형성된 호소라고 규정하고 있다.

(나)쟁점토지의 경우 농업용 및 발전용에 공여되는 댐 등으로 볼 수는 없다 하겠고, 제방으로 바다와 격리된 상태에서 수문을 통하여 바닷물이 이동할 수 있는 형태의 토지로서, 처분청에서 제시한 증빙사진에서도 수문이 개방되어 있는 상태에서는 쟁점토지의 일부가 바닷물에 잠기는 형태이기는 하지만 이는 수문이 개방되어 있는데 기인한 것으로서 언제든지 수문을 폐쇄하면 바닷물의 유입이 차단될 수 있는 형태의 토지로서 이러한 형태의 토지를 자연적으로 형성된 호소에 해당된다고 보기도 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세기본법」제20조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사표시가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다 할 것으로서(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결, 대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결 등 참조),

(나) 이 건의 경우 처분청이 공부상 염전인 쟁점토지에 대하여 특수한 사정을 인정하여 유지로서 재산세를 비과세하겠다는 공적인 의사표시가 있었다고 볼 수 있는 아무런 증빙이 없으므로, 처분청이 쟁점토지에 대하여 재산세를 상당기간 비과세한 것은 과세누락에 불과하다고 보는 것이 타당하다고 보여지므로, 처분청이 쟁점토지에 대하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

3) 부동산세제과-895, 2019.11.4. /농용수관을 매설한 토지를 재산세 비과세 대상인 구거로 볼 수 있는 지 여부 질의 회신

답변요지

쟁점 토지의 경우 비록 농업용수 배수 목적으로 사용하고 있다고 하나, 지고의 차이가 없는 지하에 수로관이 매설되어 있어 자연적으로 형성된 구거로 볼 수 없고, 인공적으로 설치한 수로·둑이 설치되어 있다고 보기도 어려우므로 비과세 대상인 구거에 해당하지 않음

­ <질의요지>

○○○○○공사가 소유하고 있는 농업기반시설부지로서 농업용수관을 매설한 토지를 구거로 인정할 수 있는지 여부

<회신내용>

○ 「지방세법 시행령」 제108조에서 구거는 농업용 구거와 자연유수의 배수처리에 제공하는 구거로 규정하고 있고,「공간정보 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령」제58조에서 구거는 용수 또는 배수를 위하여 일정한 형태를 갖춘 인공적인 수로·둑 및 그 부속시설물의 부지와 자연의 유수가 있거나 있을 것으로 예상되는 소규모 수로부지로 규정하고 있습니다.

- 따라서, 재산세가 비과세 되는 구거에 해당하기 위해서는 인공적인 수로·둑이 설치되어 있거나 폭이 좁은 소규모의 수로부지로서, 인근토지와 지고의 차이를 두고 있어 자연의 유수 또는 인공적인 유수가 있거나 있을 것으로 예상되는 토지이어야 합니다.

○ 쟁점 토지의 경우 비록 농업용수 배수 목적으로 사용하고 있다고 하나, 지고의 차이가 없는 지하에 수로관이 매설되어 있어 자연적으로 형성된 구거로 볼 수 없고, 인공적으로 설치한 수로·둑이 설치되어 있다고 보기도 어려우므로 비과세 대상인 구거에 해당하지 않는다고 보여집니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자인 지방자치단체의 장이 구체적인 사실관례를 토대로 최종판단하여야 합니다.

4) 지방세운영과-1144, 2012.4.13./자치단체 사용 토지에 대한 재산세 비과세 해당 여부에 대한 질의회신

답변요지

주말농장 이용에 있어 모든 구민이 신청할수 있지만 추첨을 통해 배타적 사용권을 갖게된다는 점과 경작물의 소유자가 된다는 점이 일반공중의 자유로운 이용에 제공되는 공공용재산으로 보기 어렵고 성격상 체육시설 등의 이용에 필요한 부대시설이 아니며 지방자치단체에서 주민의 편익을 위해 제공해야하는 필수불가결한 공공시설에 해당되지 않으므로 비과세 대상이 아니다.

(질의 요지) 

자치단체가 법인소유 토지를 무상으로 제공받아 2년간 주말농장으로 주민에게 제공할 경우 해당 토지를 자치단체가 공공용으로 사용하는 재산으로 보아 재산세를 비과세할 수 있는지 여부

(회신 내용)

가. 「지방세법」제109조 제2항에서는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용하는 재산에 대하여 재산세를 부과하지 아니한다(단, 유료 사용의 경우 비과세 제외)고 규정하고 있고

,「지방재정법」에서 분법된「공유재산 및 물품 관리법」제5조 제2항 제2호에서 공공용재산이란 지방자치단체가 직접 공공용으로 사용하거나 사용하기로 결정한 재산과 사용을 목적으로 건설중인 재산으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제25조에서 도로, 공원을 공공용재산으로 예시하고 있습니다. 

또한, 법제처에서는 舊「지방재정법 시행령(분법 이전의 것)」제78조(공공용재산)의 공공용재산을 도로, 광장, 공원, 하천, 영해와 그 부속물 등과 같이 일반공중의 자유로운 이용에 제공되는 공유재산을 말한다고 해석(법령해석 05-0028,‘05. 9. 15.)한 바 있습니다.

나. 여기에서 주말농장이 지방자치단체가 공공용으로 사용하는 재산에 해당하는지 여부는 해당 재산이 그 자체로 직접 일반공중의 자유로운 이용에 제공되는지 여부, 전체적인 공유재산 관리측면에서 공공용재산의 일부를 이루고 있어 일반공중이 공공용재산을 이용하는데 부대적으로 필요한 시설인지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인 바, 쟁점 주말농장을 이용함에 있어 모든 구민이 신청할 수 있지만 추첨을 통해 선정된 일부 주민(700명)만이 채소 재배 등 장기간에 걸쳐 배타적 사용권을 갖게 된다는 점과 경작물의 소유자가 된다는 점을 고려할 때 그 자체로 직접 일반공중의 자유로운 이용에 제공되는 공공용재산으로 보기 어렵습니다. 

또한, 체육시설, 꽃단지, 주차장 등 공공용재산이 전체면적의 69%(53,500㎡)에 달한다 하더라도 주말농장의 성격상 체육시설 등의 공공용재산을 이용하는데 필요한 부대시설이라고 보기 어려우며, 

지방자치단체에서 주민의 편익을 위해 제공해야 하는 도로, 공원, 철도, 항만, 공항 등과 같이 필수불가결한 공공시설로 보기에도 어렵습니다. 다만, 이에 대하여는 해당 과세권자가 관련 자료 및 사실조사를 통해 면밀히 파악하여 최종 판단할 사항이라고 할 것입니다. 끝.