2026-06-03 기업부설연구소 행안부 해석과 조세심판원 결정이 상이한 사례

기업부설연구소 행안부 해석과 조세심판원 결정 상이한 사례

1. 대도시 전입 법인이 기업부설연구소로 사용하는 부동산의 중과세 여부 /부동산세제과-1646, 2026. 5. 21.

1) 질의요지

대도시로 전입하는 법인이 그 전입에 따른 부동산을 취득하여 기업부설연구소로 사용하는 경우 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세 대상에 해당하는지 여부

2) 회신내용

「지방세법」 제13조제2항제1호에서는 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입하는 경우를 포함)함에 따라 

대도시의 부동산을 취득하는 경우 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하도록 하여 일반적인 법인의 부동산 취득보다 높은 세 부담을 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제27조제3항에서는 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 사무소 등이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 규정하고 있습니다.

해당 규정에 따른 ‘법인이 본점의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산’에는 법인이 본점의 사무실 용도로 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산 뿐만 아니라 법인이 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업 활동 장소로 사용하기 위하여 취득한 부동산도 포함된다고 판단됩니다(대법원 2014. 4. 10. 선고 2012두20984 판결 참조).

「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소는 기업이 자체 연구개발을 상시 수행하기 위해 기업 조직 내부에 설치한 부설 연구기관인 점, 이러한 기업부설연구소는 해당 기업의 사업 목적과 관련된 원천 기술을 연구하고 신제품을 개발하는 등 그 본점 사업의 일부를 수행하고 있는 점, 

해당 기업의 인력과 설비 등이 투입되어 실질적으로 기업 활동이 이루어지는 장소로서 단순히 임대용 부동산 등과 같이 본점과 무관한 것으로 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 기업부설연구소는 그 본점의 사업 활동 장소에 해당한다고 보아야 하므로, 

「지방세법」 제13조제2항 및 같은 법 시행령 제27조제3항에 따른 중과세 대상에는 해당할 것으로 판단됩니다.

다만, 이는 과세권이 있는 지방자치단체가 그 사실관계 등을 구체적으로 확인하여 최종 판단할 사항임을 알려드립니다. 끝.

1. 조심2023지3677(20251203) 취득세경정 /① 연구시설로 사용하는 면적(758.17㎡) 본점 신축에 따른 중과세 대상 X 청구주장의 당부② 연구시설 外 면적(522.95㎡) 산업용 건축물 감면(75%) 대상이라는 청구주장의 당부

결정요지

기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 스크린 도어 등을 통해 이 건 연구시설과 이 건 연구시설 외 부분은 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 이 건 연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 연구시설은 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 판단됨. 다만, 이 건 연구시설 외 부분 중 본점으로 사용되는 부분(118.18㎡)을 제외한 부분(404.77㎡)에 대하여는 산업단지내에서 산업용 건축물등의 용도에 사용한다고 볼 수 있어 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 적용대상 본점 사업용 부동산으로 볼 수가 없고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 산업단지 감면대상 산업용 건축물등에 해당한다고 판단된다,

참조결정 : 조심2023지3726 / 조심2021지3340 / 조심2023지4028

처분청은 이 건 연구시설[1층(일부) 및 3층]이 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나, 이 건 연구시설은 2018.10.24. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인증을 받았고, 「기초연구법」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추고 있으며, 관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 하고, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 스크린 도어 등을 통해 이 건 연구시설과 이 건 연구시설 외 부분은 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 이 건 연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 연구시설은 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

2. 조심2024지0011(20250908) 취득세 경정 /① 쟁점연구소가 「지방세법」 제13조 제2항에서 규정하는 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부 ② 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

결정요지

① 청구법인이 본점사무실과 별도로 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등의 환급세액을 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 ② 지방세인 취득세의 환급금과 국세인 농어촌특별세의 징수금에 대한 조세채권의 상계 등에 대하여 달리 규정하고 있지 아니하므로 청구법인이 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과할 수 없다고 판단됨

참조결정 : 조심2020지0328 / 조심2023지1631 / 조심2014지0379

처분청은 쟁점연구소를「지방세법」제13조 제2항에서 규정하는 본점으로 보아야 한다는 의견이나,「지방세법」상 본점의 정의는 없으나 본점의 사무소란 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위 외에도 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어려운 바, 본점에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 고려하여 개별적‧구체적으로 판단(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조)해야 할 것인바, 

쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호 및 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 

이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 쟁점연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점, 

청구법인이 본점사무실과 별도로 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등의 환급세액을 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2023지1631, 2024.7.25., 같은 뜻임).

3. 조심2025지0512(20250806) 취득세취소/쟁점연구소를 청구법인의 본점용 건축물로 보아「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

결정요지

쟁점연구소가 청구법인의 중요한 의사결정을 하는 장소로서「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 본점에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점연구소를 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

법인의 ‘본점’이란 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로서, 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 법인의 본점에 해당한다고 보기 어려운 점(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 같은 뜻임),

온라인 게임을 개발하는 청구법인의 특성상 쟁점연구소가 게임 개발을 위한 연구 활동을 계속한다고 하여 이를 청구법인의 중추적인 의사결정과 동일하다고 보기 어려울 뿐만 아니라 처분청은 이를 입증할 만한 구체적인 근거나 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점,

쟁점연구소는 다른 부서와 사실상 독립된 장소에 설치되어 있고, 연구 인력 외에 다른 직원들의 출입을 엄격히 통제하고 있는 것으로 보아 쟁점연구소에 근무하는 직원은 본점의 다른 부서(기획, 예산, 총무 등)와 실질적으로 분리되어 온라인 게임 개발과 관련한 연구 활동만 수행하고 있다고 보이는 점,

「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의3 제1항 제7호 및 제14조의4 제1호에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하면서 이를 위반하는 경우 기업부설연구소의 인정을 취소할 수 있다고 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 이를 위반하여 행정관청 등으로부터 행정상 조치를 받은 사실은 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어

쟁점연구소가 청구법인의 중요한 의사결정을 하는 장소로서「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 본점에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점연구소를 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2023지1631, 2024.7.25., 같은 뜻임).

4. 조심2023지0091(20250627) 취득세경정 /쟁점연구시설이 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부

결정요지

관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨.

처분청은 쟁점연구시설이 청구법인의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소로서 취득세 중과대상인 법인의 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나,

법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정 과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것인바(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임), 

쟁점연구시설 내에는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소가 설치되어 있고, 관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 

스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어, 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

아울러, 쟁점부동산 중 중과세 면적 및 경정세액의 범위 특정을 위해 이에 대해 살펴보면, 처분청이 이 건 세무조사 당시 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 사용면적 안분내역을 기준으로 이 건 취득세 중과세 면적을 특정하였으므로 처분청도 청구법인의 안분방식을 인정한 것으로 보이는 점, 

위 <표8>를 기준으로 청구법인의 자가사용 면적을 재계산하면 그 면적은 쟁점건축물 중 OOO㎡와 쟁점토지 중 OOO㎡로 특정되는 점, 청구법인이 쟁점건축물 중 5층을 쟁점연구시설로, 나머지 B2·3·6층을 쟁점연구시설 외의 용도로 사용하고 있으므로 자가사용 전용면적 중 쟁점연구시설 관련 자가사용 전용면적은 5층 전용면적인 OOO㎡로 특정되고, 공용면적은 각 전용면적 비율로 안분하는 것이 합리적인바 

자가사용 공용면적을 자가사용 전용면적 비율(쟁점연구시설/쟁점연구시설 외)로 안분하면 쟁점연구시설 관련 자가사용 공용면적은 OOO㎡으로 산출되므로 이를 합산하면 쟁건축물 중 쟁점연구시설 관련 면적은 OOO㎡로 산출되는 점, 

건축물의 부속토지 면적은 그 지상 건축물의 용도 등의 비율대로 안분하는 것이 합리적인바, 쟁점토지 중 쟁점연구시설 관련 토지면적은 OOO㎡로 산출되는 점 등에 비추어 쟁점건축물과 쟁점토지의 청구법인 자가사용 면적 중 건축물 OOO㎡와 토지 OOO㎡에 해당하는 부분은 쟁점연구시설 관련 면적으로서 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율 적용 대상에 해당하지 아니한다 할 것이다.

따라서, 처분청은 이 건 취득세 부과처분 중 건축물 OOO㎡와 그 부속토지 OOO㎡를 초과하는 면적에 대한 것은 이를 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 조심2024지0183(20241230) 취득세취소/쟁점연구소를 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 본점사업용 부동산으로 볼 수 있는지 여부

결정요지

쟁점연구소(6층)는 청구법인이 본점으로 사용하는 사무공간(7층)과 물리적으로 층이 다르고, 출입 통제가 관리되고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점연구소는 취득세 중과대상인 본점 사업용 부동산으로 보기 어렵다 할 것임.

처분청은 청구법인의 연구개발 활동은 귀금속을 원료로 한 공업용 재료와 부품의 제조 및 판매와 같은 주력 및 미래 사업을 수행하는 필수적인 활동으로, 쟁점연구소가 본점 사업장과 함께 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소로 사용되어, 취득세 중과 대상인 법인의 본점 사업용 부동산으로 보아야 한다는 의견이나,

법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것인 점(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임), 

쟁점연구소는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 위 법률 제14조의4 제1호 및 제14조의3 제1항 제7호에 따르면, 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 

이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 쟁점연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인은 귀금속을 원료로 하는 공업용 재료와 부품의 제조 및 판매를 주력으로 하는 업체로, 

쟁점연구소(6층)는 청구법인이 본점으로 사용하는 사무공간(7층)과 물리적으로 층이 다르고, 출입 통제가 관리되고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점연구소는 취득세 중과대상인 본점 사업용 부동산으로 보기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 「지방세법」 제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.