임차 부지 신축 물류시설의 지방세 감면 여부 및 과소신고가산세 산정기준 판례

사건번호: 대법원 2025두35293 (선고일자: 2026년 4월 9일, 원심 서울고등법원 2025누4090 / 1심 인천지방법원 2024구합54168)

1. 사건 개요 및 경과

• 당사자: 원고(물류업체) vs 피고(인천광역시 연수구청장)
• 원고는 국가 소유 토지를 30년간 임차하여 물류센터를 신축한 후, 「지방세특례제한법」상 물류시설용 부동산 감면을 적용해 취득세 50%를 감면받았으나, 피고는 감면대상이 아니라며 취득세 등(과소신고·납부지연가산세 포함)을 부과함

2. 주요 쟁점 및 양측 입장

• 쟁점: ① 토지를 '임차'해 신축한 건축물이 감면대상 '물류시설용 부동산'에 해당하는지, ② 과소신고가산세 부과 요건 충족 여부
• 원고: 감면규정상 '토지 취득일 전 신축 건축물'에는 임차의 경우도 포함되어야 하며, 산출세액 자체는 정당히 신고했으므로 과소신고가산세를 부과할 수 없음
• 피고: 감면규정은 토지 '취득'을 전제로 하므로 임차는 해당하지 않음

3. 대법원 최종 판단 및 결정

• 결정: 과소신고가산세 부과처분 부분만 파기환송, 나머지(본세 부과 적법, 납부지연가산세 위법)는 확정
• 이유: 감면규정은 토지 취득을 전제로 하므로 임차한 원고는 감면대상이 아니어서 본세 부과는 적법함. 다만 2015년 지방세기본법 개정으로 과소신고가산세 산정기초가 '산출세액'에서 '납부세액'으로 바뀌었으므로, 감면세액을 잘못 적용해 정당한 납부세액보다 적게 신고했다면 과소신고가산세 부과요건을 충족하는데, 원심이 옛 판례(산출세액 기준)를 잘못 원용해 이를 위법하다고 본 것은 법리 오해임

출처: 국가법령정보센터