외국인투자 세액감면의 법인지방소득세 반영 거부처분 적법성 판단
사무국 관리자조회 41
사건번호: 감심2025-642 (결정일자: 2026년 5월 7일)
1. 사건 개요 및 경과
- 당사자: 청구법인(외국인투자기업, 천안시 소재) vs 처분청
- 청구법인은 2018.7.31. 개정 후 「지방세법」에 따라 2018년 3월 종료 사업연도 법인지방소득세를 신고·납부하였음. 이후 2023.7.18. 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 종전 규정(개정 전 「지방세법」)을 적용하면 「조세특례제한법」상 외국인투자 세액감면 효과가 법인지방소득세에도 반영되어야 한다며 차액 환급을 구하는 경정청구를 했으나 처분청이 거부함
2. 주요 쟁점 및 양측 입장
- 쟁점: 개정 후 「지방세법」 부칙 제15조를 적용하여 개정 전 「지방세법」에 따라 법인지방소득세를 산정해야 하는지 여부
- 청구법인: 부칙 제15조상 '종전의 규정'에 따라 부과·감면하여야 할 지방세는 종전 규정을 따라야 하는데, 개정 전 「지방세법」에 따르면 법인지방소득세는 납부할 법인세액의 10%로 산정되어 법인세 세액감면(외국인투자 감면) 효과가 그대로 반영되므로, 2012년 외국인투자기업 지정을 받은 청구법인은 개정 전 규정에 따라 산정한 세액과의 차액을 환급받아야 함
- 처분청: 부칙 제15조의 '종전의 규정'은 개정 전 「지방세법」을 의미할 뿐 외국인투자 세액감면을 규정한 「조세특례제한법」은 포함되지 않으므로 이를 적용할 수 없음
3. 감사원 최종 판단 및 결정
- 결정: 심사청구 기각 (청구인 패소)
- 이유: 부칙 제15조의 '종전의 규정'은 개정 대상인 개정 전 「지방세법」 본칙만을 가리키므로 그 본칙에 없는 「조세특례제한법」상 감면규정은 이에 해당하지 않음. 개정 전 「지방세법」 제85조 제4호 등은 법인지방소득세의 산출방법만 정했을 뿐 장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 적용한다는 내용을 명시적으로 규정하지 않아, 청구법인의 신뢰가 법적으로 보호될 정도에 이른다고 볼 수 없으므로 거부처분은 정당함