[취득세] 주식의 직접 취득없이 지배관계 형성 시 과점주주 취득세 납세의무에 대한 질의 회신
문서번호 부동산세제과-816 · 회신일자 2026-03-10
질의요지
○ B·C법인이 D법인(주식발행법인) 주식을 소유하고 있는 상황에서 A법인이 B·C법인의 주주로부터 B·C법인의 지분을 취득한 경우 A법인이 D법인의 주식을 실질적으로 취득한 것으로 보아 과점주주 간주취득세 대상에 해당하는지
회신내용
○ 「지방세법」 제7조제5항에 따라 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보며,
- 해당 규정에서 “대통령령으로 정하는 과점주주”란 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(“본인”) 1명과 그의 특수관계인 중 「지방세법 시행령」 제10조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말하며, 그들의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 의미합니다.
○ 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 지방세 관계 법령을 적용하며(「지방세기본법」 제17조제1항), 지방세의 부과·징수에 관하여 지방세 관계 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」을 준용하고(「지방세기본법」 제153조) 있고,
- 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다고 규정하고 있습니다(「국세기본법」 제14조제3항).
○ 한편, 대법원 판례에서는 2개의 법인이 주식을 각각 50%씩 취득하였으나 해당 법인들은 주식을 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통해 실질적으로 이를 지배관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 당해 주식을 실질적으로 이를 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다고 보았고,
- 이 경우에 해당하는지 여부는 당해 주식이나 지분의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다고 보았습니다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결).
○ 해당 사안은 A법인이 D법인의 주식 또는 지분을 직접 취득한 것이 아니라 B·C법인이 D법인의 지분을 소유하고 있는 상태에서 A법인이 B·C법인의 전체 지분을 취득한 점,
- A법인의 B·C법인 지분 취득은 종전 B·C법인의 주주가 A법인에 대한 대여금을 상환하지 아니하여 대여금 반환 청구 소송을 거친 후 그 채권을 회수하기 위한 과정에서 B·C법인의 전체 지분을 취득하게 된 점 등을 종합적으로 고려할 때, A법인을 D법인의 실질적인 과점주주로 보아 간주취득세를 과세하는 것은 타당하지 않다고 판단됩니다.
○ 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 한 판단으로 추가 사실확인 등 변동사항에 대하여는 과세권자가 면밀한 사실조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.