[취득세]조합원 입주권 취득 관련 취득세 납세의무 여부에 대한 질의 회신

(부동산세제과-2462, 2026. 8. 6.)

1) 질의요지

○ 「도시재정비촉진을 위한 특별법」에 의해 보상금을 반환하여 득한 조합원 지위를 승계취득하는 경우 취득세 납세의무가 있는지?

2) 회신내용

○ 「지방세법」 제7조제1항에 취득세는 부동산, 차량, 기계장비 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으며,

같은 법 제6조제2호에서 '부동산'은 토지 및 건축물로 정의하며, 제3호에 '토지'는 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지로 규정하고 있습니다.

○ 「도시재정비 촉진을 위한 특별법」(이하 도시재정비법) 제11조제4항에는 시장·군수·구청장 등이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우에 시장·군수·구청장 등으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 국토교통부령으로 정하는 이자를 더한 금액을 시장·군수·구청장 등에게 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 보며, 이 경우 해당 재정비촉진구역 사업시행자가 기반시설의 설치에 필요한 부지를 제공한 것으로 보도록 규정하고 있습니다.

○ 도시재정비법에 따라 수용된 부동산에 대해 지급받은 보상금을 반환함으로써 조합원(이하 갑)의 지위를 득하고, 이후 그 지위를 제3자(이하 을)가 승계취득하는 경우 취득세 납세의무가 성립하는지에 대해 살펴보면 다음과 같습니다.

○ 사업의 진행 절차를 보면, 재정비촉진구역이 지정되어 기반시설 설치(A구역) 공사가 진행되고 이와 별도로 주택 재개발 사업(B, C 2개 구역)이 구분되어 각각 사업시행인가, 관리처분계획인가를 받아 진행되며, A구역에는 근린공원이 이미 조성되었고 B구역에는 공동주택이 건축될 예정이며,

이 경우 갑은 도시재정비법에 따라 수용된 부동산에 대한 보상금을 반환한 후, 해당 지자체에서 B구역 주택 재개발 조합에게 보상금을 반환한 갑이 토지등소유자가 될 수 있도록 조치해달라는 내용을 통보하여 조합원 지위를 득한 것으로 확인됩니다.

○ 사실관계에 따르면, 갑은 보상금을 반환한 시점에 수용되었던 A구역 내 종전토지는 이미 근린공원으로 조성되었으므로, B구역 주택재개발사업의 토지등소유자의 지위를 보유하고 있지만 「지방세법」 제7조제1항에 따른 취득세 과세대상인 부동산을 소유하고 있는 상태가 아니라 할 것입니다.

○ 이후 갑이 을과 조합원 지위 승계 계약을 체결하였는데 그 계약서 내용을 보면, 계약물건이 근린공원 조성을 위해 수용된 종전 부동산으로 기재(특약에 B구역의 조합원입주권의 매매계약이라는 점이 명시되어 있음)되어 있는바, 갑과 마찬가지로 을의 경우 B구역의 실질적인 토지 및 건축물이 아닌 향후 입주할 권리만 취득한 것으로 보아야 하므로 입주권의 승계 취득 당시에 취득세 과세대상인 부동산이 존재한다고 볼 수 없습니다.

○ 같은 취지로 재개발사업과 관련하여, 토지 없이 건축물만 소유하고 있던 조합원으로부터 철거된 건물에 대한 권리가액을 지급하고 조합원 지위를 승계한 경우에는 취득세 과세대상인 부동산이 존재하지 않으므로 조합원 지위 승계 시점에는 취득세를 과세할 수 없으며, 향후 준공일 또는 사실상 사용일 중 빠른 날을 기준으로 하여 취득세를 과세하여야 한다고 판단한 바 있습니다(행정안전부 지방세운영과-2203, 2019.7.22. 참고).

○ 따라서, 조합원 지위 승계 시에는 취득세 과세대상이 존재하지 않아 납세의무가 성립하지 않으며, 향후 재개발 사업에 따른 새로운 부동산 취득 시 「지방세법」 제7조제16항에 따라 토지(승계취득)와 건축물(원시취득)에 대한 취득세 납세의무가 성립된다고 보는 것이 타당할 것입니다. 아울러, B구역 내 종전토지 소유자의 토지에 도로가 신설되어 관리처분계획인가 전에 지자체로 이미 귀속된 사안에서 그 지위를 승계받은 경우에도 마찬가지라 할 것입니다.

○ 다만, 이는 과세권이 있는 지방자치단체가 그 사실관계 등을 구체적으로 확인하여 최종 판단할 사항임을 알려드립니다. 끝.